Công ty Cổ phần Tư vấn Xây dựng Thủy lợi II tiền thân là một đơn vị của Viện Khảo sát Thiết kế Thủy lợi Thuỷ điện, được thành lập từ năm 1956. Trong giai đoạn từ 1956 – 1975 Công ty đã tham gia khảo sát thiết kế nhiều công trình thủy lợi, thủy điện khắp miền Bắc xã hội chủ nghĩa;

Năm 1974 một số cán bộ kỹ thuật và công nhân khảo sát đã được điều vào miền Nam làm công tác Thủy lợi ở vùng giải phóng và sau đó theo đoàn Quân tiếp quản các cơ sở Nha Thủy Nông của chế độ cũ ở Sài gòn và các tỉnh Nam Bộ. Sau khi miền Nam được giải phóng, một bộ phận lực lượng cán bộ công nhân kỹ thuật và trang thiết bị đã được chuyển vào miền Nam, thành lập đơn vị Khảo sát Thiết kế tại các tỉnh phía Nam và thành lập Đoàn thiết kế Nam Bộ. Năm 1977 thành lập Đoàn Khảo sát Đông Nam bộ;

Tháng 9/1982, Đoàn khảo sát Đông Nam Bộ sát nhập với Đoàn Thiết kế Nam Bộ thành Phân viện Khảo sát Thiết kế Thủy lợi Nam Bộ theo quyết định 605/QĐ/TCCB ngày 11/9/1982, thời điểm này lực lượng của phân viện lên đến 1.000 cán bộ công nhân viên;

Tháng 3/1985, đổi tên thành Xí nghiệp Khảo sát Thiết kế Thủy lợi Nam Bộ theo quyết định số 161/QĐ/TCCB ngày 19/3/1985;

Tháng 3/1989 đổi tên thành Viện Khảo sát Thiết kế Thủy lợi Nam Bộ theo quyết định số 573/QĐ/TCCB ngày 30/3/1989;

Tháng 2/1993 đổi tên thành Công ty Khảo sát Thiết kế Thủy lợi II theo quyết định số 67/QĐ/TCCB ngày 20/2/1993;

Tháng 9/1995 đổi tên thành Công ty Tư vấn Xây dựng Thủy lợi II theo quyết định số 80/QĐ/TCCB ngày 06/9/1995;

Tháng 10/2004 đổi tên thành Công ty Cổ phần Tư vấn Xây dựng Thủy lợi II theo quyết định số 3393/QĐ/BNN-TCCB ngày 05/10/2004;